Conosco ben poco JavaFX ma mi viene da pensare che siccome il EventHandler l'hai registrato sullo stage, il handle viene invocato e quindi gestisce il tasto "u" indipendentemente dal fatto che il focus sia su b1 o b2. Insomma è generale.
Poi fireEvent serve ovviamente a fare il "fire" di un evento. A cosa serve a te .... non lo so, dipende. Se vuoi che il pulsante che ha il focus si "clicchi" quando premi "u", allora innanzitutto nota che Button ha un semplice fire() (è ben descritto nel javadoc), poi comunque credo che basti usare il componente "source" dell'evento (se è come succede in Swing).


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