Non ho capito jQuery cosa c'entri con la domanda, ma i due codici non producono lo stesso risultato
Prima di tutto stai usandoin modo non corretto: va usato solo una volta per inizializzare l'array concodice:varil secondo esempio funziona perché stai assegnando un array acodice:var mioarray = [](che esiste essendo un array)codice:mioarray[0]
Il primo non funziona perchè vuoi assegnare qualcosa a mioarray[0][0]. ma il secondo indice non esiste ancora , per cui prima di fare questi assegnamenti dovresti dire che mioarray[0] è un array, cioé
codice:var mioarray = []; mioarray[0] = []; mioarray[0][0]=variabile1; mioarray[0][1]=variabile2; mioarray[0][2]=variabile3;