Bene
ti faccio una domanda: il problema sono solo quelle 3 immagini o hai notato qualche altro strano comportamento? 
Io so già la risposta.
Intanto posso assicurarti che Fancybox non c'entra assolutamente niente con quelle 3 immagini, a parte il fatto che queste non sono gestite da Fancybox ma da Unveil.
Ad ogni modo, non hai notato che quella pagina ha problemi praticamente per tutti i plugin js esterni?
Il fatto è che non viene caricata la maggior parte dei file js esterni, a parte quelli inclusi direttamente sul codice html.
Certamente è un problema relativo agli url, come d'altronde ha accennato WottaFacca.
Infatti diversi file js sono caricati dinamicamente attraverso il file js/script.js di cui ne hai ridefinito giustamente l'indirizzo in questo modo: ../js/script.js
Il problema è però relativo all'inclusione, dei vari file, che avviene da script attraverso quel file principale, con delle istruzioni del tipo: include('js/file_esterno.js');
Chiaramente, anche se nel codice html hai definito l'indirizzo relativo per il file principale, all'interno del suo script nessuno gli dice che deve tornare una cartella indietro quando include tutti gli altri file.
Ora, la funzione include(), definita su quello stesso file, è questa qui:
codice:
function include(scriptUrl) {
document.write('<script src="' + scriptUrl + '"></script>');
}
Sostanzialmente puoi risolvere aggiungendo "../" all'inizio dell'attributo src.
codice:
function include(scriptUrl) {
document.write('<script src="../' + scriptUrl + '"></script>');
}
Ma è chiaro che in questo modo comprometteresti l'utilizzo dello stesso script se questo venisse incluso e usato da altre posizioni. In sostanza avresti lo stesso problema se lo usi nella cartella principale.
Una soluzione dinamica puoi ottenerla con l'uso di una variabile che faccia proprio da suffisso per quel src creato via script. A quel punto potrai definirla sul tuo html (chiaramente in un tag script) e utilizzarla opportunamente nel tuo script esterno.
Se non hai capito fammi sapere che ti spiego meglio.