Che tu l'abbia aperta non ti fa ottenere il diritto di sapere se con la finestra il prossimo sito visitato parla di cani o di gnocche.
Fattene una ragione, comunque NON LO PUOI sapere nel senso che il browser stesso te lo impedisce.
In ogni caso puoi fare un controllo preventivo: se i link nella popup li hai messi tu puoi associare un'azione al click suggli stessi, del tipo:
<a href="http://www.altrosito.it" onclick="parent.document.nomeForm.nomeCampo.value= 'altrosito'">
Non ti garantisco che funzioni con tutti i browser, e da questo momento in poi perdi il controllo sulla popup.