Anzitutto gli include (server side) non sono prerogativa di PHP.
Si possono fare anche con altri sistemi (ad esempio SSI, supportato da molti sistemi).

Se usi gli attributi HTML width= e height= potresti avere problemi di compatibilita` con altre formattazioni CSS. Conviene usare solo formattazione CSS (i corrispondenti sono width: e height

Se metti width e height al 100% non usi le dimensioni reali, ma usi tutto lo spazio disponibile scalando l'oggetto di conseguenza.
Pero` ricorda che le dimensioni 100% si riferiscono alle dimensioni del contenitore: se questo non ha dimensioni definite sono misure senza significato.

E comunque se hai uno scroll di 1 o 2 px, lo puoi risolvere settando l'overflow.