Se una regola css è stata impostata da JS, è ovvio che sempre via JS ne devi impostare un'altra.
Una regola css "normale", cioè settata in un file o anche inline, viene eseguita al caricamento della pagina e basta. Se poi interviene un JS con una nuova regola è chiaro che deve essere sempre un JS a eventualmente sovrascriverla.
Spiega meglio cosa devi fare e qual è l'evento che dovrebbe far mostrare l'elemento nascosto.