Ciao,
in realtà il problema non è mai esistito...
Non devi usare diverse pictureBox, usane una sola e manipoli l'immagine aggiungendo ed eventualmente "spostando" le varie immagini che vai ad aggiungere.
Qui potrai trovare un esempio.
Il concetto è uguale: a livello di classe imposti i vari parametri (tipo la posizione attuale delle altre immagini) e quando serve cambi questi parametri ed invalidi la pictureBox, in questo modo essa deve essere ridisegna, quando questo accade viene chiamato il tuo override del metodo OnPaint che a sua volta prenderà i tuoi parametri per posizionare all'interno del graphics le varie immagini trasparenti nella posizione desiderata, e con DrawImage le "disegni".