Dovresti spiegare qualcosa di più. Quello che vedo e capisco da quel codice è questo: scansioni una directory e prendi tutti i file .properties, poi i nomi "base" (senza path) li metti nella mappa associati ciascuno ad un numero univoco incrementale.
Nella mappa avrai quindi associazioni es.
1 --> "pippo.properties"
2 --> "pluto.properties"
3 --> "EXIT"
Quindi le stampi all'utente togliendo .properties e mettendo in maiuscolo.
Intercettare la scelta dell'utente è il problema minore, cioè mi pare chiaro che se l'utente inserisce 2, andrai nella mappa a prendere pluto.properties
A quel punto, cosa deve contenere il file e cosa ci devi fare ...... non lo so!