Basta impostare un qualche valore con define() e verificare che esso sia impostato per permettere l'accesso alla pagina.
Qualcosa del tipo:

Codice PHP:
@defined('VALORE') or die("Messaggio."); 

Ovviamente la cosa va gestita anche a monte per fare in modo che gli include continuino a funzionare. Se hai un punto di ingresso unico alle pagine ti basta definire il valore lì.