Quelle sequenze di caratteri che vedi (ultima riga di output) sono le ben note sequenze di escape ANSI (ECMA-48 e altri).
(http://en.wikipedia.org/w/index.php?...SI_escape_code)
Sui Linux sono gestite nativamente dalla console. Su Windows no.
Non conosco la JSch, ma puoi vedere questa ricerca: https://www.google.it/#q=jsch+ansi+escape
E troverai molto probabilmente delle indicazioni utili.