grazie della dritta, ci sono riuscito,
alla fine era più semplice di quanto pensassi
dapprima sono impazzito cercando di adattare dei cicli FOR e FOREACH,
poi mi sono reso conto di avere già un comando di reiterazione, la mia WHILE, quindi ho modificato il mio codice così:
codice:
$w = array(25, 45, 50, 55, 25); //array per larghezza dai vari campi-colonne della tabella
$fill = false;
    //query che ricerca tutti i numeri esclusi quelli senza reparto
    $result=mysql_query("SELECT * FROM $table WHERE reparto != '' AND numero != '' ORDER BY presidio,padiglione,reparto,piano ASC",$db);                          
     
    while($row = mysql_fetch_array($result))
     {
         $reparto = $row["reparto"];
         $presidio = $row["presidio"];
         $piano = $row["piano"];
         $mobile = $row["mobile"];
         $padiglione = $row["padiglione"];
         $ubicazione = $row["ubicazione"];
         $numero = $row["numero"];
         $email = $row["email"];
         $email2 = $row["email2"];
  
     $pdf->SetFillColor(224,235,255);
     $pdf->SetFont('Times','',10);
     $pdf->SetX(5);
     $pdf->Cell($w[0],5,$presidio,1,0,'L',$fill);
     
     $pdf->SetX(30);
     $pdf->Cell($w[1],5,$reparto,1,0,'L',$fill);
                                        
     $pdf->SetX(75);
     $pdf->Cell($w[2],5,$padiglione.'    '.$piano,1,0,'L',$fill);
     $pdf->SetX(125);
     $pdf->Cell($w[3],5,$ubicazione,1,0,'L',$fill);
     $pdf->SetX(180);
     $pdf->Cell($w[4],5,$numero,1,0,'L',$fill);
   
     $pdf->Ln(); 
     $fill = !$fill;
}

e tutto è andato per il meglio!
il mio PDF viene stampato esattamente come vorrei, prima riga di record, bianca, poi tutte alternate con sfondo grigio.

PERFETTO!