Ho provato anche a caricare il file nella directory www.miosito.it/codice e sostituire questa riga

'swfobject.embedSWF("FileUploaderStandalone.swf", "uploader", "500", "350", "10.0.0", "", flashvars);'

con

'swfobject.embedSWF("http://www.miosito.it/codice/FileUploaderStandalone.swf", "uploader", "500", "350", "10.0.0", "", flashvars);

Solo che selezionando il file e facendo clic su upload non inizia il caricamento.