Funziona alla perfezione.

E se avessi un altro array contenente un numero che va associato ad ogni data es:

Codice PHP:
$giorni = array("2015/06/12","2015/06/13","2015/06/17");
$prenotazioni = array("2","5","9");

for ($d = 1; $d <= 30; $d++)    echo in_array(date('Y/m/').$d,$giorni) ? '<strong>'.$d.'</strong><br>' : $d.'<br>'; 
come faccio ad associare il primo numero alla prima data e cosi via?

tipo

Codice PHP:
'<strong>'.$d.'('.$prenotazione[0].')</strong>'