Ciao, probabilmente perchè dove assegni le variabili JS da php usi C che è di JS e non viene interpretato da PHP.
Secondo me sarebbe molto piu' comodo fare un array diversamente in php
Codice PHP:
$ct=0;
$scuole = array();
while($riga=mysql_fetch_array($ris))
{
$scuole[$ct]['nomeScuole'] = $riga["nomeScuola"];
$scuole[$ct]['indirizzoScuola'] = $riga["indirizzoScuola"];
$scuole[$ct]['lat'] = $riga["lat"];
$scuole[$ct]['long'] = $riga["long"];
$ct++;
} 
A questo punto nel js potresti fare
codice:
var scuole = <?php echo json_encode($scuole); ?>
Se provi a quindi a fare un console.log(scuole) vedrei il tuo object scuole formattato da ciclare comodamente.