Facendo come dici tu, se ti capitasse per esempio 2.300,68, otterresti 2300 perdendoti i decimali, perché per PHP e qualsiasi altro sistema di calcolo, la virgola non vuol dire niente.
Oltre ad eliminare il . dovresti convertire in . l'eventuale ,
Codice PHP:
$totaleApagare = str_replace(['.',','],['','.'], $_POST['tot']);