Purtroppo continui a far confusione. PHP è un linguaggio server side, cioè lato server. MYSQL è il database (a cui PHP a si collega per ottenere i dati immagazinati nel database).
Bootstrap non c'entra nulla con PHP e MYSQL. Bootstrap è una libreria javascript ( o meglio ancora un framework html, css e javascript). Quindi con Bootstrap puoi lavorare solo client side, cioè dal lato del browser dell'utente, questo perchè javascript (e anche html e css) è client side.
Adesso ti spiego meglio. Se hai lavorato con html , sai benissimo come funziona: il browser interpreta l'html e visualizza a video il risultato. Quindi html è client side, perchè la sua interpretazione è compito del browser dell'utente. Javascript, un linguaggio di programmazione ( o più propriamente detto linguaggio di scripting) è anche esso client side, perchè interpretato dal browser.
Php invece è un linguaggio server side perchè interpretato non dal browser dell'utente, ma dal web server (apache o altri). Con un linguaggio server side non è possibile un' interazione diretta con l'utente perchè al browser dell'utente arriva il risultato già elaborato dal web server. L'interazione diretta con l'utente è possibile solo client side, cioè con javascript, perchè javascript è in grado di rilevare quello che l'utente fa sul suo browser e poi, se è il caso, javascript invierà, tramite una tecnica detta AJAX, le informazioni al server ed il server, tramite un codice scritto in PHP, elabora le informazioni e le invia al browser. Quindi ci sono più linguaggi che entrano in gioco. Dire soltanto "voglio programmare", non ha molto senso se prima non si capisce in quale linguaggio si vuole programmare. Inoltre chi è novizio nella programmazione non può partirsi con l'idea di poter fare tutto subito, ma deve partire per gradi, imparando poco alla volta. Inoltre non si può usare alcun framework se prima non si conosce il linguaggio a cui quel framework fa riferimento.
Se ti serve usare immediatamente Bootstrap lascia perdere PHP e MYSQL e studiati javascript! Bootstrap non c'entra nulla con PHP e MYSQL.