Non è che abbia capito benissimo, ma in sostanza devi serializzare l'albero (qualcuno direbbe elegantemente "come una diagonalizzazione di Cantor"), una sorta di JSON-none.
Poi ci metterai un flag del tipo "salvataggioautomatico" e "salvataggiodell'utente", così da poter purgare tutti quelli NON salvati effettivamente dall'utente.