Il delay() di solito non è una soluzione efficace, se lo provi te ne renderai conto.
Un metodo più efficace è, rilevata la pressione di uno dei pulsanti, usare un ciclo che aspetti il rilascio del pulsante stesso.

Ma intendi programmarlo utilizzarlo alla "cieca" ?
Un lcd che mostra quanti secondi hai impostato, e altre info sarebbe molto utile.
L'ideale è usare uno shield per arduino come questo :
arduinolcdkeypadforstore3.jpg
con circa 4€ (dalla cina con furore) hai un lcd 16x2 5 pulsanti (+1 per il reset hardware), e diversi pin disponibili per pilotare il rele o altro. Lo innesti sopra Arduino e il tutto diventa molto compatto