L'esagono giallo non cambia dimensione, ma c'è solo un effetto sul menù in alto che allo scroll cambia colore e ti da quell'effetto ottico, si tratta solo di una transazione di colore attivata allo scroll della pagina, con jQuery dovresti riuscire a crearla facilmente, cerca gli effetti scroll con jQuery e troverai moltissime guide che ti potranno aiutare