Dipende molto da quale versione a quale versione, in alcuni casi dovra' essere aggiornato un qualcosa nelle tabelle che trovi comunque nei file di installazione.
Il backup lo puoi anche fare dell'intero server usando phpmyadmin.
Potresti usare http://dev.mysql.com/downloads/windows/installer/ un tool l'nstaller che fa tutto da se. aggiornamenti compresi.



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