Ciao, dal codice che hai postato in realtà non vedo l'esigenza di creare delle classi: le operazioni che compi sono strettamente legate alla lettura del file, e a riconoscere a che punto sei della lettura, mentre ci sono relativamente poche operazioni sui dati che leggi.
Diverso sarebbe se leggessi da file dati su persone, libri, cd o qualsiasi cosa per cui una classe con variabili e metodi propri sarebbe molto utile, o se dovessi gestire un'interfaccia potresti avere una classe per la lettura del file, una per l'interazione con l'utente etc.
Penso che in un codice come questo potresti al massimo inserire dei metodi : ad esempio leggi i primi tre punti da file e passi i punti ad un metodo che calcola le medie , volendo poi passi le medie ad un altro metodo che le compara e così via, così sicuramente il codice è organizzato meglio dal punto di vista logico e anche visivo.
Comunque per essere impegnata con java da così poco tempo come dici, usi nel codice alcune cose che molti imparano tempo dopo, una cosa che puoi evitare di fare è testare un valore boolean nella condizione if scrivendo if(variabile_boolean == true) visto che questo è esattamente uguale a scrivere if(variabile_boolean) quindi nel tuo caso la riga:
codice:if(k ==0&& first_time_ave ==false&& second_time_ave ==true)
puoi scriverla come
codice:if(k ==0&& !first_time_ave && second_time_ave) //! è la negazione per un valore boolean
Però oltre a pensare se ti conviene aggiungere qualche metodo per dividere i compiti non vedo l'esigenza di dovere dividere il tutto in più classi
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