Noi abbiamo differenti team e ognuno di questi può usare lo strumento che preferisce.

Un team usa jira sul cloud, e sembra siano contenti.

Noi abbiamo provato Jira e siamo scappati dopo poco. Era molto lento e macchinoso, oltre ad avere una UI troppo complicata. Per cui abbiamo deciso di usare Trello con le dovute label e una applicazione in Python (https://github.com/apiaryio/black-belt) che automatizza 3-4 cose per noi

Un altro team ancora usa Waffle.io, che praticamente "trellizza" le issues di github, e sembra molto interessante