Esatto. Un DB relazionale si basa sulle tabelle e le relazioni che le collegano. Devi quindi scomporre i tuoi dati per inserirli, e ricomporli quando li estrai. Puoi farlo tu o usare librerie che lo fanno (ORM).
In alternativa puoi guardare i DB non relazionali come MongoDB che usano gli oggetti in maniera nativa.