se si potesse fare così dove andrebbe messo il codice nel body?
Si tratta di due cose pressoché diverse, dubito che tu possa integrare questa parte di codice in quella galleria, o quantomeno ne otterresti un incrocio deforme.
Senza offesa, ma l'arte del copia-incolla funziona solo quando le cose sono fatte con un certo criterio e con ordine, a meno che tu non voglia ottenere una composizione cubista.

Fai così... intanto scaricati la versione aggiornata di quella galleria da qui http://flowgallery.org/#download
Su quella pagina guardati un po' le opzioni di configurazione. Per impostare le dimensioni delle miniature puoi usare thumbWidth e thumbHeight.

Per la descrizione delle immagini e il titolo sotto le miniature vedo un po' se riesco a buttare giù qualcosa, non ti prometto niente.
Se poi qualcun altro si vuole cimentare, ben venga.