Rileggendo ho capito quello che intendevi.

Codice PHP:
function my_merge($arrayIn,$profondita) {
 
$arrayOut = array();
 
$num_pos  count($arrayIn);
 
$conta    1;
 
 
$index    1
 
$temp     = array();
 foreach (
$arrayIn as $key => $subArray) {
   if (
$index == 1) {
   
$temp     = array();
   
$startKey $key;
  }  
  
  
$temp array_merge($temp,$subArray);
  
  if (
$index == $profondita || $num_pos == $conta) {
   
$endKey   $key;
  
$arrayOut[$startKey.'-'.$endKey] = $temp;
  
$index    0;
  }  
  
$conta++;
  
$index++;
 } 
// foreach ($arrayIn as $subArray) 
 
 
return $arrayOut;
// function my_merge($arrayIn,$profondita)

$arr=array('2000'=>$valore1,'2001'=>$valore2,'2002'=>$valore3,'2004'=>$valore4,'2005'=>$valore5,'2006'=>$valore6);  

$new_array my_merge($arr,3);