Sono un pochino confuso.
Forse, e dico forse, stai confondendo "tabella mysql" con "database mysql".
Forse, sempre se intuisco il senso della domanda, vuoi fare una interrogazione che ritorni i dati da PIU' di una tabella, tra di loro collegate logicamente.
Se è questo, allora ti serve una query con JOIN.
Tornando alla prima domanda tutto dipende essenzialmente da "come" ti interfacci con mysql, ovvero con mysql "vecchio stile", mysqli, PDO, con o senza statement preparati.
Nel "mondo reale" useresti essenzialmente PDO per i parametri con nome, invece dei malefici ? di mysqli.