Non capisco che relazione ci possa essere tra una NPE ed il numero di query da eseguire (o numero di record da aggiornare).
Più probabile che l'errore stia altrove o che dipenda da particolari dati.
Non hai fornito il codice che esegue le query, né il codice che effettua gli update, né il codice che richiama queste due (parli genericamente di JSP: accessi a DB dovrebbero essere fatti da Servlet, non da JSP... le JSP non dovrebbero fare alcun lavoro se non quello di visualizzare i dati elaborati dalle servlet), quindi è praticamente impossibile fornirti alcuna risposta.

C'è da dire che update massivi andrebbero fatti con un po' di ragionamento: JDBC offre i BatchUpdate, ma è comunque doveroso porre un limite al numero di statement che vengono messe in batch (per ovvi limiti del DBMS sottostante).

Un primo consiglio è quello di fornire almeno la parte rilevante del codice che stai usando, così da capire esattamente lo scenario.


Ciao.