Innanzitutto il == è inappropriato, in quanto si basa sulla identità degli oggetti (uguaglianza dei reference) ... non sul loro contenuto. E comunque il articoliDiUnAutore, così come l'hai scritto, non ha praticamente senso (restituisce un Articolo[] di tot lunghezza fisica ma vuoto).
E il contains non ti serve. In articoliDiUnAutore crea un nuovo ArrayList, poi per ciascun articolo della Conferenza verifica se l'Autore dell'articolo è quello cercato. Se la classe Autore ridefinisce correttamente equals(), allora usalo. Se corrisponde inserisci l'Articolo nel nuovo ArrayList. Alla fine, visto che serve un array, usa il toArray() (nota, non quello che restituisce Object[] ma l'altro!)