puoi:
- memorizzare la prima riga per tenere le intestazioni di colonna
- ciclare le righe successive e per tenendo fisso il primo campo (il nome della riga) ciclare le colonne di intestazione e prendi il risultato corrispondente nella riga

in pseudo codice

Codice PHP:
$intestazioni = array(" ""nome1""nome2""nome3")
$dati = array();

// apri il file
while(riga per righe) {
    foreach(
$intestazioni as $chiave => $intestazione) {
        
$dati[] = array($riga[0], $intestazione$riga[$chiave])
    }