Il problema è con la variavile $id_arrivato, per definire la query usi i singoli apici, quindi la variabile $id_srrivato non viene interpretata.
Prova così

Codice PHP:
$query = 'UPDATE `loghi` SET `type`=' . $_FILES['userFile']['type'] . ', `alt`=' . $alt  . ', `immagine`=' . $image . ' WHERE id=' .$id_arrivato;