Ti avvia il disco sulla base della sua "firma" e non del fatto che si chiami C D o come vuoi (anche perchè non esistono minimamente).
Se cloni esattamente i dati (settore per settore) devi alterare "a mano" la firma del vecchio disco.
Usualmente questo viene svolto comunque dal programma di migrazione; devi però istruire Grub a far partire il disco che vuoi