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Se cloni esattamente i dati (settore per settore) devi alterare "a mano" la firma del vecchio disco.
Usualmente questo viene svolto comunque dal programma di migrazione; devi però istruire Grub a far partire il disco che vuoi
Cioè in che modo?

Grazie della risposta ma non so se c'entra Grub, io scelgo di far partire il Windows Boot Loader rilevato sull'SSD direttamente da dentro il bios, per cui da Grub proprio non ci passo, e invece mi parte il Windows sull'hard disk meccanico...