Non è semplice realizzare quello che chiedi, soprattutto se sei alle prime armi.
Ogni setup può essere stato creato con un installer differente, che presenta opzioni differenti, ed a volte può richiedere l'intervento dell'utente (es. un messaggio di conferma a cui rispondere SI/NO, oppure OK/ANNULLA) ed non è semplice creare un programma che individui il pulsante corretto nella finestra corretta.
Francamente il tempo che perdi a realizzare una 'cosa' come questa è di molto superiore al tempo spesonell'installare i programmi, considerando che, col tempo, poi i setup possono variare, ed in tal caso... tutto da rifare.
per non parlare poi delle opzioni nascoste appositamente in alcuni setup per farti installare porcherie di ogni genere: toolbar, programmi non desiderati a pagamento, impostazioni che modificano quelle dell'utente come home page del browser e chi più ne ha più ne metta!

Quasi sempre i setup però accettano il passaggio di parametri sulla riga di comando, esempio:

SETUP.EXE /QUIET /SILENT ecc.

Il punto è scoprire :
1. quale sia l'installer utilizzato per realizzare un setup.exe (ve ne sono diversi
2. se accetta parametri da riga di comando
3. quali parametri siano previsti

Alcuni prevedono addirittura anche un file di configurazione(inf), che deve essere realizzato ad hoc.

in sostanza, ti devi armare di pazienza ed iniziare la caccia per scoprire queste informazioni, per ogni setup.

Vi sono anche software specifici che realizzano un installer tipo quello che vuoi fare tu, AutoPlay Media Studio è eccezionale e dispone anche di un proprio linguaggio di programmazione per usi avanzati, con numerosi modelli personalizzabili:

AutoPlay Media Studio | Indigo Rose Software
http://www.indigorose.com/products/a...-media-studio/

Io l'ho usato con successo ed è davvero molto semplice da utilizzare. Costa, ma li vale tutti.
Certo, per fare UN installer solo non so se ne valga la pena acquistarlo...