Ciao, certo, quello che ti ha indicato Andrea va messo direttamente nella pagina PHP. Non era chiaro che tu avessi un file JavaScript esterno.
In tal caso potresti risolvere creando una variabile globale.
Nella tua pagina PHP puoi inserire una cosa del genere:
codice:
<script type="text/javascript">
  var defaultFilter = '.<?php echo vntd_portfolio_item_class(); ?>';
</script>
Tieni presente che questa parte sarebbe da inserire presumibilmente prima dell'inclusione del file JavaScript esterno.

A questo punto nel tuo script esterno potrai fare una cosa del genere:
codice:
    gridContainer.cubeportfolio({
        layoutMode: 'grid',
        rewindNav: true,
        scrollByPage: false,
        defaultFilter: defaultFilter,
In sostanza la variabile defaultFilter dichiarata per quell'oggetto, prenderà il valore della variabile globale defaultFilter (i nomi uguali potrebbero far confondere ma in questo caso si tratta di due variabili differenti).

Prova e facci sapere.

Chiaramente è possibile risolvere in tanti altri modi.