il codice oltre a essere poco comprensibile a persone esterne (un vantaggio in tema di sicurezza?)
Alcune volte, quando leggo uno script fatto veramente male, mi capita di dire qualcosa come "è così fatto male che non riesco a leggerlo neanche tutto, mi sanguinano pure gli occhi". Ovviamente scherzando.
La sicurezza non la ottieni programmando male. Sarebbe assurdo, no?

Per questo volevo revisionare tutta l'applicazione basandomi questa volta sul concetto di OOP
Come dicevo prima, una classe-wrappa-tutto-quello-che-ti-viene-in-mente come quella che hai descritto NON è OOP. Se intendi farlo significa che NON hai bisogno di usare una classe: definisci le tue funzioni ed includile dove ti servono.

personalmente ritengo che non esista la ingegneria del software.
Anche io sono dello stesso parere
Potete spiegarmela questa? Non stiamo parlando di alieni o fantasmi, sono piuttosto sicuro che l'ingegneria del software esista da qualche parte.