Io ritengo che il tema di MySQL fosse molto filosofico e non so perchè ho come l'impressione che fosse una critica verso il MVC (o forse mi sto immaginando tutto e devo tornare a vivere in orari normali ).

Se il problema è la leggibilità del codice, classi o non classi centra ben poco. Anzi... se utilizzi una buona programmazione a oggetti complicheresti di certo la lettura del codice a terzi che magari non possiedo tali facoltà.

Altrimenti organizza tutto con delle funzioni ben identate, includile quando serve, commentale bene e via...