Perdonami, ma basta fare così:

Codice PHP:
<?php
$fileUrl = "upload/pepPS/B110-1-58/";
echo strlen($fileUrl);
?>

ed il risultato è 23.

Per cui è ovvio che:

Codice PHP:
$fileUrl="upload/".$SEZIONE."/".$_GET['comune']."-".$_GET['prj']."-".$_GET['edificio']."/"; 

non contiene ciò che ti aspetti.
Hai provato a fare la cosa più logica e cioè stampare il contenuto di $fileUrl?