Grazie di avermi spiegato la differenza, però a me in entrambi i casi termina l'esecuzione del comando e la finestra dos si chiude.
Quello che volevo fare io e fare il modo che è l'utente a chiudere la finestra dos come ad esempio facendo:
Process proc = rt.exec("cmd /c start /wait src\\iperf3\\iperf3.exe -c 127.0.0.1 -p 5201 & pause");
L'istruzione che passo come argomento al metodo exec esegue il comando iperf e poi si pone in pause, tale comando in una finestra dos funzina, quando la faccio eseguire in java invece non si pone in pause, ma la finestra si chiude.
Riguardo all'istruzione:
proc.waitFor();
non mi cambiano le cose