Allora non ho capito: vuoi che cmd termini (quasi) subito oppure no?
Oltretutto se metti un & pause questo è legato a cmd (non a iperf3.exe o nel mio esempio al ping). Quindi il pause è comunque fatto nel contesto del processo principale (cmd) lanciato da Java. E siccome pause fa dell'output (poco comunque) e chiede qualcosa in input, dovresti gestirlo lato Java, cosa che non stai facendo.