Devi in qualche modo "legare" la checkbox all'elemento associato perché, se non specificato esplicitamente, PHP non riceve un array associativo; questo è il motivo per cui hai solo i valori delle checkbox selezionate.

Quindi devi specificare nel form la chiave dell'array, con una semplice variabile numerica incrementata ad ogni ciclo.

Codice PHP:
<td><input  type="checkbox" name="checkbox_prova[<?=$i;?>]" <?=$sel_in2;?> value="1" id="checkbox_prova_<?=$i;?>"/></td>

E probabilmente ti converrà fare altrettanto anche con gli campi del form.

PS: nota che ho modificato l'attributo id del tag <input>: le parentesi quadre non sono ammesse negli id in HTML