Il problema che esposi esula completamente da WordPress, quindi non è questa la sezione adatta in cui esporlo.
Comunque, io uso il seguente codice inserito nel file .htaccess nella root dello spazio web che ospita i miei siti (l'ho modificato per te):

codice:
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?sitodue.it$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/sitodue/
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ /sitodue.it/$1
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?sitodue.it$
RewriteRule ^(/)?$ sitodue/ [L]
Devi comunque impostare sitodue.it in modo tale che non faccia più il redirect a sitouno.it/sitodue ma farlo puntare allo stesso indirizzo IP di sitouno.it oppure impostargli il medesimo nameserver (a seconda di come gestisci il dominio).