Risolto...era un problema con la verifica del percorso.
Non avevo calcolato che is_dir() non controlla tutto il percorso del file ma solo la cartella chiamiamola "target".
Più semplicemente succedeva questo:
codice:
cartella1 -> cartella2 -> cartella3 is_dir()? FALSE quindi CREA CARTELLA3 ma mancando CARTELLA2 in mezzo non me la creava dato che mkdir() ha come target una cartella specifica e non un percorso!
Ma io avrei dovuto controllare passo a passo:
codice:
cartella1 -> cartella2 is_dir()? FALSE quindi CREA CARTELLA2;
cartella2 -> cartella3 is_dir()? FALSE quindi CREA CARTELLA3;
Spero abbiate capito qualcosa da quello che ho scritto 
Ci si perde sempre nelle cose più sceme