Solo Java SE vuol dire principalmente applicazioni "standalone", tipicamente applicazioni "desktop" (con UI grafica) o al limite piccole applicazioni client-server fatte magari con socket o altro (spesso sviluppate per esercitazioni o simile). E che vengono fatte partire "a mano" o al limite da un collegamento.
Java EE invece presuppone lo sviluppo di applicazioni "enterprise" che girano su application server (o al limite in un servlet container) per offrire servizi in termini di web application fruibili da browser e/o web-service in una qualche forma (SOAP, REST ecc..).
P.S. i nomi J2SE/J2EE con il "2" in mezzo sono i vecchi nomi, ormai in disuso da anni.


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