[java]array contenente oggetti diversi

[andbin]

Come faccio ad individuare nel metodo articoliDiUnAutore(Autore aut) gli articoli di un autore se nell'array ho solo oggetti della classe Articoli?

Ma Articolo contiene l'autore ... quindi è perfettamente possibile farlo. Il punto è come confrontare l'autore. Come hai fatto tu cioè con == non è appropriato perché si basa solo sulla identità degli oggetti (non sul contenuto).
E comunque sfrutta di più le collezioni, perché tra l'altro il tuo articoliDiUnAutore non ha granché senso.

Poi perch'è Il compilatore mi stampa numeri e lettere(credo che sia l'hashcodes) e non la stringa risultante?

In generale, se non ridefinisci il toString(), rimane quello ereditato da Object, che fornisce una stringa poco significativa.