Concettualmente si
Bella domanda. Direi perche' PDO e' arrivato relativamente tardi rispetto alla diffusione di PHP e del suo obsoleto driver mysql su cui si sono basati i manuali per un sacco di tempo. O perche' quei manuali sono semplicemente fatti male.
Ora un qualunque manuale PHP decente dovrebbe citare PDO come interfaccia standard per il collegamento al database, menzionare mysqli come alternativa (se si lavora solo con mysql) e dire a chiare lettere che la vecchia interfaccia mysql_* andrebbe evitata come la peste.