Se i dati devono essere generati da php, lo script php che li genera avrà una url, ed è quella la url che devi inserire nella window.open...

Al contrario, se vuoi riempire qualle window con jquery, dovrai salvarti il risultato della window.open();

nuovafin=window.open(....);

e poi nuovafin.document() srarà l'oggetto document della nuova finestra, che potrai manipolare tranquillamente con js.