Java Applet, eccezioni lanciate solo nel browser.

[andbin]

    archive="QTminer.jar , JSockNS.jar, mysql-connector-java-5.1.36-bin"

Occhio che l'ultimo nome manca del .jar. Comunque questi 3 jar, siccome non hai specificato un codebase diverso, sono relativi alla pagina web dove hai <applet>. Quindi nella stessa cartella dove hai il .html, dovrai avere i 3 jar.

Tuttavia, sta usando i percorsi del mio computer, se volessi metterli su un sito dovrei usare i percorsi del sito in cui risiedono i jar, giusto?

Se non vuoi che nel progetto ci siano path "assoluti" della tua macchina relativi ai jar esterni:
- crea una cartella es. "lib" nella radice del progetto (allo stesso livello di src per intenderci)
- mettici dentro i due jar
- proprietà del progetto -> Java Build Path -> scheda "Libraries" -> pulsante "Add JARs..." e scegli i jar (rimuovi prima i riferimenti che avevi, naturalmente).

Questo fa sì che nel .classpath ci siano path relativi. Questo rende più portabile il tuo progetto. Ma non c'entra nulla con il deploy della applet. Spetta a te scegliere come/dove disporre i jar relativamente alla pagina web.