A priori non è possibile fare una conversione da exe a swf. È come chiedere di convertire mele in arance: non ha senso. Se l'EXE in questione non è interattivo puoi registrare uno screencast, convertirlo in un qualche formato riproducibile da flash e inglobarlo in un SWF, ma se c'è qualunque genere di interazione a priori non è possibile farci niente.