Ciao, c'è un grossolano errore di fondo che prescinde da JavaScript.
Gli "id" devono essere univoci all'interno di uno stesso documento HTML.
Ho l'impressione che ti stia sfuggendo questo concetto basilare.

Mi pare di capire che il tuo PHP, attraverso il ciclo while, generi un codice HTML per il quale si ottengono più elementi con lo stesso "id" (vedi "quantita1" e "somma1"). Chiaramente questo non può che generare dei problemi, tra cui quello che hai indicato.

In sostanza non puoi usare degli id per questo scopo.
Potresti usare delle classi e quindi modificare opportunamente il tuo jQuery per recuperare i valori in modo relativo sull'evento change degli elementi select. Vedi il concetto di utilizzo della parola chiave this.

Noto inoltre che ci sono dei probabili errori nella logica di funzionamento del tuo jQuery. Non capisco come, secondo te, dovrebbe funzionare questo: totCart += total;

Dove hai definito totCart e a cosa dovrebbe riferirsi total.
Se total fa riferimento alla stessa variabile dichiarata sull'evento change, allora ho l'impressione, nuovamente, che ti manchino dei principi fondamentali, in questo caso, sul concetto di gestione degli eventi.

Ad ogni modo, personalmente non saprei come meglio consigliarti perché non ho idea di cosa esca fuori dal tuo PHP e cosa esattamente vuoi ottenere con JavaScript.

Nel caso, ti consiglio di postare un link ad una pagina pubblica, se puoi, e specificare meglio ciò che vuoi ottenere.