Beh, puoi seguire questo tutorial di Ubuntu, penso che serva per varie versioni di ubuntu visto che non hai specificato di quale si tratta :

http://wiki.ubuntu-it.org/Sicurezza/CartellaProtetta

fai bene attenzione che in caso di problemi potresti non riuscire ad accedervi più.

C'è anche veracrypt, dato che truecrypt pare non essere più disponibile, ma alcuni si lamentano in merito a vari problemi, comunque è disponibile via PPA per alcune versioni di ubuntu.